- 具有分析和转换谱系数据功能的包。 系谱是一个 data.frame 格式，其中第一列包含ID，第二和第三列包含第一和第二父代的标识。www.jianshu.com/p/2ac8cd2150df
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PED - Pedigree format - GATK
2024年6月25日 · A pedigree is a structured description of the familial relationships between samples. Some GATK tools (including HaplotypeCaller, GenotypeGVCFs, …
从零开始进行单倍型分析之geneHapR数据准备（上）_genehapr怎 …
2024年9月25日 · PED（Pedigree）文件是以纯文本形式存储的基因型数据文件。. 每一行表示一个个体的基因型信息。. 数据列之间通常以空格或者制表符分隔。. 包含内容. 家庭 / 群体的唯一 …
LepMap3的使用方法说明 - Bioinformatics dōjō
2017年10月1日 · vcf文件. vcf文件必须有likelihood信息，lepmap会用likelihood信息进行分析. pedigree文件. pedigree文件包含了样本名及家系等相关信息，pedigree文件为tab分隔的文本文件，示例如下：
群体遗传之ped格式 - 发那个太丢人 - 博客园
2019年12月15日 · PED文件格式是广泛使用的用于连锁系谱数据分析的格式，并用作plink程序的输入。PLINK是一个免费的，开源的全基因组关联分析工集，旨在以高计算效率的方式执行一系列基本的，大规模的分析。PED能够处理二倍 …
PLINK 1.9 / 2 基本使用方法 – GWASLab – GWAS实验室
2021年3月28日 · Plink 是全基因组关联分析中最为常用的软件，其主要用途是对于原始数据的QC质控（relatedness, population structure等），数据格式转换（ped/map, bed/bim/fam, VCF, bgen等），基础数据的计算与统计 …
visPedigree使用指南 - 淡泊明志/宁静致远
2018年9月24日 · The University of New England的Brian Kinghorn教授开发了 pedigree viewer 软件，可以整理、提纯系谱，并且可以在窗口中直观地显示个体的系谱，但如果个体的数量非常 …
常规遗传评估需要的数据格式和整理步骤 - 淡泊明志/宁 …
2019年6月3日 · 育种数据分析，主要用到2个文件，系谱文件和数据文件。. 如果开展基因组选择，会使用基于分子标记信息的G或者H矩阵或者逆矩阵文件。. 在ASReml中，通常以稀疏矩阵格式提供（三列）逆矩阵文件。. 系谱文件和数 …
GitHub - phenotips/open-pedigree: A free and open …
Open Pedigree is a robust browser-based genomic pedigree drawing solution using Prototype, Raphaël, and PhenoTips. Features Robust support for complex families, intergenerational linkages, and consanguinity
pedigree package - RDocumentation
Package to deal with pedigree data. trimPed. Function to trim a pedigree based on available data. calcInbreeding. Calculates inbreeding coefficients for individuals in a pedigree. gblup. Function …
数据格式（七）——map/ped - 知乎 - 知乎专栏
Plink常用的文件格式有两套：map/ped和bim/fam/bed，其中map/ped两种文件格式是互相关联的，通常是一起使用的。 两组文件均没有列名，且每一列表示的意思是一定的，格式之间可以 …
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